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超级计算机XE6:240人基因组分析只需两天

2018-01-15 来源:转化医学网  标签: 掌上医生 喝茶减肥 一天瘦一斤 安全减肥 cps联盟 美容护肤
摘要:基因组的测序费用不仅与测序的精准度有关,还同其速度有很大关系,超级计算机Beagle当前的测序速度可有望使测序费用进一步降低

   最近,来自美国阿贡国家实验室(ArgonneNationalLaboratory)的研究者利用Cray公司生产的XE6的超级电脑进行基因组测序,该计算机仅仅需要两天时间就可为240人进行基因组测序分析。

 
  随着技术的不断革新,基因组测序速度也在快速提升。最近,研究者在美国阿贡国家实验室(ArgonneNationalLaboratory)利用一台型号为CrayXE6的超级电脑——Beagle进行基因测序分析,仅仅需要两天时间就可为240人进行基因组测序分析。
 
  在今年的1月14日,Illumina公司将推出HiSeqXTen和NextSeq500两台测序仪,有望将全人基因组测序费用降低在1000美元以下。但是人类基因组测序时间长这一瓶颈目前仍未突破,通常分析人类基因组30亿个碱基对将需要数月之久。
 
  芝加哥大学的研究人员利用Cray公司生产的超级计算机XE6分析基因测序,其速度大为提高,而且测序的精确度也非常可信。这为未来人类全基因组测序费用的减低起到重要推动作用。
 
  芝加哥大学心血管遗传诊所的教授ElizabethMcNally称:“基因组的测序费用不仅与测序的精准度有关,还同其速度有很大关系,超级计算机Beagle当前的测序速度可有望使测序费用进一步降低。”
 
  除了测序费用的减低外,测序速度的加快,也为基因诊断和遗传信息筛选提供了一个有力工具,让快速提供病人的检测报告成为可能。
 
  Cray公司的XE6超级计算机,采用了AMD最近推出的Opteron6100系列处理器,可选8核心或12核心型号,每个机柜最多192颗处理器、1536个或2304个核心。整套系统大量机柜组装在一起,最多可提供上百万个处理核心。目前,除美国阿贡国家实验室利用它进行基因测序数据处理外,与Cray公司签约的还有韩国气象局、美国能源部国家能源研究科学计算中心(NERSC)、美国国家核安全局、美国国家海洋和大气管理局(MOAA)、英国工程和自然科学研究委员会(EPSRC)以及美国军方。
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