您的位置:健客网 > 肿瘤频道 > 医学前沿 > 精准医疗到底靠不靠谱?两大牛公司癌症突变检测一致性仅为22%

精准医疗到底靠不靠谱?两大牛公司癌症突变检测一致性仅为22%

2017-12-04 来源:转化医学网  标签: 掌上医生 喝茶减肥 一天瘦一斤 安全减肥 cps联盟 美容护肤
摘要:认为肿瘤异质性对检测引起的影响并没有人们认识中的那么强烈

   第三代测序技术的超长读长、无GC偏向性及单分子实时测序等优势大大突破了传统短读长测序的技术瓶颈,使得人们终于开始深入了解基因组复杂结构变异的机制及其医学价值。本月初EuanAshley教授首次利用第三代测序技术成功地在一例Carney综合征(Carneycomplex,CNC)中找到致病结构变异,肯定了第三代测序在“疑难杂症”中的临床应用潜力,相关结论发布在BioRxiv上。

 
  继此报道之后,上周末BioRxiv又放大招--希望组首席科学家、哥伦比亚大学王凯教授带领希望组研发团队深入比较了不同测序覆盖深度的三代测序结构变异分析结果,并为摩拳擦掌想要马上开动三代测序的医学研究者提供了简洁有力的分析工具--NextSV。
 
  目前业内主要有两种专用于长读长数据的结构变异分析工具:PBhoney和Sniffles。但三代测序结构变异的研究不多,问起哪个工具更好,大家可能都一脸懵逼。而且,参数优化又是必不可少的一环,不熟悉三代测序的研究者往往望而却步。
 
  本文中,希望组研发团队使用上述两种工具对NA12878和HX1(华夏一号)这两套人基因组的PacBio全基因组测序数据进行不同分析方法的比较。以两者的结构变异数据集作为金标准,随机抽选2X~15X数据,比较不同深度下的结构变异分析结果。结论认为,低覆盖深度数据的结构变异分析能够准确还原大部分的结构变异(如图1所示)。
 
  《转》译
 
  《转》译是转化医学网原创编译类品牌栏目,重点关注基因检测、细胞治疗、体外诊断、精准医疗等转化医学领域,旨在传递国外新技术、新动态,同时围绕这些领域的知名企业、专家观点、商业模式等也是《转》译关注的重点。
 
  本文为转化医学网原创编译,转载请注明来源
 
  今天,一篇报道于JAMAOncology的研究引起了业内人士的广泛关注。美国华盛顿大学TonyBlau课题组研究发现业内著名癌症检测公司FoundationMedicine旗下FoundationOne与第一家液体活检公司GuardantHealth旗下Guardant360对同一批9位癌症患者临床检测结果的一致性只有22%。研究人员认为两家公司检测结果的大相径庭可能是因为肿瘤异质性与两家公司在检测报告中选用了不同的突变类型作为参考。
 
  “我们的研究证实了临床肿瘤的基因检测结果更大程度上取决于你所选用的具体检测技术。”Blau和他的同事们在论文中指出。
 
  虽然两家公司对相同一批病人进行了测序,但是他们的具体操作流程还是存在差别的。FoundationOne对315个癌症相关基因的外显子与28个来自组织样品重排基因的内含子进行了测序。同时,Guardant360则从9位病人的ctDNA中分离并检测了70个基因。研究人员指出两公司测试的特异性都大于99%,但敏感性略低。
 
  Blau和他的同事总共招募了9名同时在两个平台上完成测试的癌症患者。其中5例乳腺癌患者,其他人所患癌症则包括胰腺癌,胸腺癌,肺癌和唾液腺癌。
 
  两个测试都没有发现患有胸腺癌患者的任何遗传改变。虽然两测试共发现了这些癌症患者所携带的45个其他癌症相关突变,但其中尽有10个突变被两家公司的技术同时检测到,仅占总检出突变的22%。更悲观的是,这批病人中的2人竟没有一个被两家公司同时检测出来的突变位点。
 
  除此之外,两家公司的癌症测序服务还向病人推荐了基于他们检测结果的最适药物,不同公司多推荐的药物治疗方案仍然存在着许多区别。
 
  Blau及其同事提供了他们在测试之间观察到检测不一致现象的诸多潜在原因。FoundationOne测试检查了比Guardant360检测了更多的可能突变,但FoundationOne却没有检测到独特的癌症相关突变。
 
  同时,研究人员表示造成检测结果差异的另一个可能原因可能是患者被测时间的差异,这些患者中的7人在10周的时间内接受了这两个测试。
 
  FoundationMedicine医学总监VinceMiller曾就肿瘤异质性提出了质疑,认为肿瘤异质性对检测引起的影响并没有人们认识中的那么强烈。同一肿瘤中不同采样点细胞基因组中的变异大多一致。绝大多数情况下,关键的癌症相关突变都能够被液体活检所捕获。VinceMiller认为癌症液体活检产生临床检测结果差异性的原因可能是因为肿瘤细胞和ctDNA以不恒定的速率脱离于肿瘤组织并被液体活检所捕获。
 
  相反的,GuardantHealth高级医学主任和实验室主任JustinOdegaard则认为液体活检捕获的低频突变体现了实体肿瘤或转移肿瘤的异质性。
看本篇文章的人在健客购买了以下产品 更多>
有健康问题?医生在线免费帮您解答!去提问>>
健客微信
健客药房