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mNGS快速鉴定人类鼻病毒,溯源医院感染暴发 | 儿科感染杂志

2017-11-26 来源:转化医学网  标签: 掌上医生 喝茶减肥 一天瘦一斤 安全减肥 cps联盟 美容护肤
摘要:在对4例案例和5例门诊患者的HRV全基因、其余门诊患者的部分基因组进行测序后

   基于宏基因组的二代测序技术(mNGS)具有病原菌阳性检出率高、快速、无偏倚等特点,被用于探究疑难感染病的病因。本研究使用mNGS技术调查呼吸科人类鼻病毒(HRV)感染的暴发源头,推动mNGS监测和预防临床感染病暴发的临床转化。

 
  导读
 
  原文引用:
 
  Greninger,A.L.,Waghmare,A.,etal.(2017).Rule-OutOutbreak:24-HourMetagenomicNext-GenerationSequencingforCharacterizingRespiratoryVirusSourceforInfectionPrevention.JournalofthePediatricInfectiousDiseasesSociety,6(2),168-172.DOI:10.1093/jpids/pix019
 
  1、事件描述
 
  西雅图儿童医院对呼吸系统出现症状的患者采集鼻咽拭子,采用常规实验检测呼吸道病毒。在连续三周内,常规实验检出4例医院内HRV感染阳性患者,一例患者家属和护理人员出现轻微呼吸系统症状。4例患者SCH107、SCH108、SCH109和SCH110在HRV检测阳性前均因患有原发疾病已至少住院1个月,且病房相邻。其中SCH110确诊在第17-21天病情缓解后与SCH109同住,在第22天与SCH109均检出HRV阳性。医院怀疑出现HRV院内感染,采用mNGS技术以社区内出现的HRV阳性患者为对照进行样本的全基因组测序。
 
  2、mNGS结果
 
  在对4例案例和5例门诊患者的HRV全基因、其余门诊患者的部分基因组进行测序后,mNGS检出该16个样本内有15个(94%)样本含有HRV序列读数。结果表明在15例样本中有2例亲缘关系最近的HRV基因组可以溯源至172年前的共同祖先,它们之间的亲缘关系较远,因此排除了医院内HRV感染相继引发患者发病的忧虑。
 
  3、mNGS溯源医院感染暴发,排除院内感染可能
 
  mNGS从样本接收到进化分析的交付周期只有24h,可快速地进行病原菌的全基因组测序和各病例菌株之间的进化分析,判读HRV医院内或者社区内暴发与否,进而帮助医院和社区采取及时、有效的预防措施阻止或减缓疾病暴发。
 
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