1.性伴侣未同时治疗、引发交叉感染。许多患者对性伴侣隐瞒病史，特别是夫妻之间，继续过性生活，使病菌传染给对方，造成反复交叉感染，使尖锐湿疣复发率高、久治难愈。
2.治疗方法不当、导致复发，这是最主要的尖锐湿疣复发的原因。目前大多数医院都采用激光、冷冻、电疗等，但是这些办法只能将表面的病灶去除，它无法杀灭细胞内和细胞核的病毒，无法消除亚临床感染，病毒还在体内，导致再次复发。
3.不规范治疗、影响疗效。不少病人被确诊患尖锐湿疣后，到医院治疗几次待症状暂时缓解或消失，患者便以为已治愈而擅自停止治疗，但事隔不久症状又出现，这也是尖锐湿疣复发的原因。
4.其他原因引起：如病人免疫功能下降，尤其细胞免疫功能降低，病毒感染人体后不能刺激人体产生较强的免疫应答，搔抓或个人卫生不良引起自身接种等等都是尖锐湿疣复发的原因。
5、吸烟和饮酒是多种性病发病和复发的危险因素。因为吸烟和饮酒能降低人体免疫功能。有人调查发现，吸烟超过十年者明显增加了尖锐湿疣的复发机会。而且，酒精能抑制中枢神经系统，减轻焦虑，增加性欲及卖淫行为，使性伴侣增多。同时，酒后避孕套的使用减少，暴力性性行为增多，生殖器损伤的机会和程度增加，也增加了该病的发病和复发率。
尖锐湿疣是一种危害性很大的疾病，特别是很容易通过性进行传播的，因此很多的夫妻，特别是性生活不注意的年轻人群来说，就很容易高发，如果发生了这个疾病之后，还会给家庭的稳定带来很大的影响，同时给自己的身体健康是个致命的危害。
一、传染性强，可以通过性关系传播
研究证实大于40%的患者配偶同时患有尖锐湿疣，20%—30%患者合并有其他性病，这表明尖锐湿疣主要是通过性关系传播的，但也有相当部分患者的配偶或性伴侣并未发生皮损，这可能与受染者的免疫状况有关。尖锐湿疣患者的1次性接触感染率高达60%，好发于性生活易破损的部位。但是临床上不是所有的接触者都发生尖锐湿疣，这可能与接触的病毒数量和患者病期有关。
二、导致不育，影响家庭和谐
尖锐湿疣彻底治愈后无传染性，不影响怀孕和生育。患者经正规治疗后，如果症状消失，一年后不复发，即可考虑结婚、生育。因此大家患上该病一定要去正规的医院进行彻底的治疗。
三、难以根治，病情反复发作
尖锐湿疣的病原体为人乳头瘤病毒，它们通常不进入血液，在进入人体后可潜伏于表皮基底层，然后随着表皮复制进入细胞核内，引起细胞的分裂，同时形成临床所见的皮损。治疗后有些患者反复发作，这可能与亚临床感染、潜伏感染或再感染有关，经多次治疗，大都可控制复发，也有少数长期带病毒的患者，经一段时间后，病毒可随机体免疫状态的改善而被抑制乃至消失。
四、容易复发，治疗时间长
一般来说，尖锐湿疣复发最常出现于治疗后3个月内，随着时间的延长，病人传染性降低，复发的可能性亦降低。患者经治疗后6个月不复发，就算临床治愈了。如果治疗后一年不复发，那么以后复发的可能性极小，传染的可能性也极小。因此，治疗后的第3个月是道“坎”，在这期间患者要随时去医院检测病情，合理用药，不要盲目地换药。
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