由于HIV和HCV具有相同的感染途径，所以合并感染的情况比较常见。HCV和HIV合并感染的临床进程取决于HIV所引起的免疫抑制程度，免疫抑制的进展可加速慢性丙型肝炎的进展，单纯感染HCV的患者进展为肝衰竭和肝癌的时间通常超过30年，而合并HIV感染者可缩短为10-20年。HAART（高效抗逆转转录病毒治疗）治疗HIV感染可以改善丙型肝炎的病情，如因改善患者免疫功能后可推迟肝衰竭的出现。
HIV/HCV合并感染患者的抗HCV/HAART治疗的时机及先后次序是感染科医生关注的问题，目前主要认为，所有合并HIV感染患者均需要评估是否需抗HCV治疗，治疗前可予以肝脏穿刺活组织检查或非侵入性检查评估肝脏严重情况。当合并HIV感染患者伴免疫力低下，合并CD4+细胞<200个／ul时予以抗HCV治疗可以增加CD4+细胞水平。在DAA治疗时代，DAA类药物的选择需重视与抗HIV治疗药物间潜在的药物间相互作用。丙肝虚拟社区及旗下丙肝在线推出的基于英国利物浦大学肝炎药物相互作用数据库及药物说明书而开发的药物相互作用APP，将有助于DAA类药物的优化选择，提高丙肝治疗安全性。
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