牙周病的治疗程序就像是给遭虫害的庄稼补苗，一般分为四个治疗阶段：
「第一阶段」是先去除病因（除虫），建立病人正确的口腔卫生习惯，以非手术的方式做牙龈下的清洁，传统的治疗方式在这个阶段一般只能处理深度在7mm以下的牙周袋；
「第二阶段」则是修正缺损（施肥），手术切开牙龈来处理第一阶段清不干净或清不到的地方，顺便做牙槽骨修整或引导组织再生；
「第三阶段」是缺牙重建（补苗），并做咬合调整让每颗牙齿受力平均，因为受力过重的牙齿可是会造成骨头流失更快的；
「第四阶段」则是最重要的维护治疗（保养），因为最容易被病人忽略，一定要至少三个月复诊一次，由医师施行牙龈下约1mm的清洁来避免牙周病的复发或是恶化。
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