我们都知道治疗慢乙肝是一个长期的过程，那么它为什么难治呢？主要原因有以下几个方面：
乙肝病毒多处存在，它可存在于肝脏、胆管上皮、胰腺、淋巴等组织和细腺中，并在其中复制。抗病毒药物比较容易清除血中的乙肝病毒，而组织细胞中的乙肝病毒不容易清除或者清除较晚，这便成为复发的重要原因。
早期感染HBV，由于免疫耐受，很多患者至有临床表现的时候才发现并开始治疗，这中间往往间隔十余年，这时HBVDNA早已经发生多处基因整合。细胞内整合的病毒基因可在停药后复制、表达，致病情反跳或复发。
乙肝病毒指标为“小三阳”的患者，95%以上存在C前区基因突变。这种突变株感染特点为：HBV表面抗原和HBVe抗体阳性，但HBVe抗原呈阴性。由于HBVe抗原不能表达，病毒不容易被清除，易发展成为慢乙肝。HBVe抗原前体在肝细胞内的过量蓄积还容易招致免疫攻击，易演变为重症肝炎。
cccDNA(细胞外乙肝病毒DNA)在慢性乙肝持续感染过程中起着重要作用，而目前各种抗病毒药物尚不能对其进行有效的打击和消灭，只能对HBV的其他部位进行抑制。在用药期间疗效还不错，一旦停药，HBV的复制又死灰复燃。
另外还有不少主观因素在很大程度上影响了疗效：
治疗药物选择不合适。许多患者不属于干扰素抗病毒治疗的范围(如慢性病毒携带者、中晚期的肝硬化患者等)，若使用干扰素治疗，不但难以取得疗效，反而容易造成不良反应。
用药方案不正确。一些患者虽然属于抗病毒治疗的范围，但是所选用的抗病毒治疗药物及其剂量或疗程却不正确，也难以奏效。
滥用或乱用药物。有的患者四处求医，今天用西药，明天用中药，没有一个全面的治疗方案，滥用药物的结果只能使病情雪上加霜。
虽然慢乙肝难治，但是只要我们确定了正确的治疗方案，好好配合医生治疗，实现临床治愈还是有可能的。
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