1982年秋巫君玉被批准为北京第二医学院中医副教授，同年晋升为主任医师。1983年当选为北京市第八届人民代表，并调任北京市卫生局副局长。1987年任北京中医医院技术顾问。北京市七届政协委员，1990年被国家中医药管理局确定为全国老中医药专家经验师承制导师。
巫君玉同志还曾担任中国中医药学会第二届常务理事、顾问，中国民间中医药研究开发协会第一、二届常务理事、顾问，中国医学基金会中医第一届理事，中医内科学会第二、三届副主委，中医疑难病学会第一、二、三届主委，北京中医药学会副理事长，北京联合大学中医药学院顾问，北京中医药大学客座教授，《光明中医杂志》主编。主要著作有《现代难治病中医诊疗学》（主编），《瓣杏医谈》，《各老中医带教录》以及校注的《痢疾明辨》，《钝初吟集》等书。
巫君玉长于中医温病，擅治急性热病及消化系统病，善用经方，主张师古而不泥古，兼取各流派之长，常运用丹溪气血痰火湿食六郁之论治疗慢性肝病。以托毒生肌之法治疗溃疡病。以大黄治疗上消化道出血等。
临床时极其重视诊断，强调四诊务必详尽，曾以力学、流变学之理，以肌肤、血管、心搏之变化释脉之变化。著书《脉学今语》撰有“溃疡病的诊疗”、“肝炎随谈”，“五行的起源及其在内经中的运用”等论文30余篇。诊疗咨询内容：运用中医药治疗现代治病，如皮肌炎、慢性溃疡性结肠炎、多发性硬化、慢性疲劳综合征、白塞氏病、慢性胰腺炎等，经验丰富，疗效独特。
解表散热，疏肝和胃。用于外感病，邪犯少阳证，症见寒热往来、胸胁苦满、食欲不振、心烦喜呕、口苦咽干。
健客价： ￥11用于高热时的解热，也可用于头痛、偏头痛、肌肉痛、关节痛、痛经等。本品亦有较强的抗风湿作用，可用于急性风湿性关节炎，但因本品有可能引起严重的不良反应，很少在风湿性疾病中应用。
健客价： ￥6用于高热时的解热，也可用于头痛、偏头痛、肌肉痛、关节痛、痛经等。本品亦有较强的抗风湿作用，可用于急性风湿性关节炎，但因本品有可能引起严重的不良反应，很少在风湿性疾病中应用。
健客价： ￥7用于高热时的解热，也可用于头痛、偏头痛、肌肉痛、关节痛、痛经等。本品亦有较强的抗风湿作用，可用于急性风湿性关节炎，但因本品有可能引起严重的不良反应，很少在风湿性疾病中应用。
健客价： ￥56用于高热时的解热，也可用于头痛、偏头痛、肌肉痛、关节痛、痛经等。本品亦有较强的抗风湿作用，可用于急性风湿性关节炎，但因本品有可能引起严重的不良反应，很少在风湿性疾病中应用。
健客价： ￥6用于高热时的解热，也可用于头痛、偏头痛、肌肉痛、关节痛、痛经等。本品亦有较强的抗风湿作用，可用于急性风湿性关节炎，但因本品有可能引起严重的不良反应，很少在风湿性疾病中应用。
健客价： ￥10滋阴润肺；养胃生津。主燥咳；劳嗽；热病阴液耗伤之咽干口渴；内热消渴；阴虚外感；头昏眩晕；筋脉挛痛。养阴润燥，生津止渴。用于肺胃阴伤，燥热咳嗽，咽干口渴，内热消渴。
健客价： ￥49滋阴润肺；养胃生津。主燥咳；劳嗽；热病阴液耗伤之咽干口渴；内热消渴；阴虚外感；头昏眩晕；筋脉挛痛。养阴润燥，生津止渴。用于肺胃阴伤，燥热咳嗽，咽干口渴，内热消渴。
健客价： ￥1.04用于高热时的解热，也可用于头痛、偏头痛、肌肉痛、关节痛、痛经等。本品亦有较强的抗风湿作用，可用于急性风湿性关节炎，但因本品有可能引起严重的不良反应，很少在风湿性疾病中应用。
健客价： ￥3.8用于高热时的解热，也可用于头痛、偏头痛、肌肉痛、关节痛、痛经等。本品亦有较强的抗风湿作用，可用于急性风湿性关节炎，但因本品有可能引起严重的不良反应，很少在风湿性疾病中应用。
健客价： ￥9.9用于高热时的解热，也可用于头痛、偏头痛、肌肉痛、关节痛、痛经等。本品亦有较强的抗风湿作用，可用于急性风湿性关节炎，但因本品有可能引起严重的不良反应，很少在风湿性疾病中应用。
健客价： ￥62改善糖尿病餐后高血糖。(本品适用于患者接受饮食疗法、运动疗法没有得到明显效果时，或者患者除饮食疗法、运动疗法外还用口服降血糖药物或胰岛素制剂而没有得到明显效果时。)
健客价： ￥35驱风祛寒，止痛消瘀。用于风湿骨痛，关节扭伤，肩周炎，腰腿痛，跌打瘀痛，神经痛等。
健客价： ￥35健脾化浊，祛痰软坚。用于脂肪肝、高脂血症属肝郁脾虚症者。
健客价： ￥58辟秽解毒。适用于内治湿温时邪，头昏胸闷，腹痛吐泻及小儿痰壅惊闭等症；外敷痈疽疔疮，肿核结毒等症。
健客价： ￥68舒筋活血，散瘀止痛。用于急慢性挫伤、扭伤、关节痛、神经痛、跌打损伤等。
健客价： ￥19本品不能替代药物。
健客价： ￥56滋阴润肺；养胃生津。主燥咳；劳嗽；热病阴液耗伤之咽干口渴；内热消渴；阴虚外感；头昏眩晕；筋脉挛痛。养阴润燥，生津止渴。用于肺胃阴伤，燥热咳嗽，咽干口渴，内热消渴。
健客价： ￥46
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