在医学真菌学领域，分子诊断时代的到来有望为临床标本提供快速而准确的微生物鉴定，不过在后续技术的扩展方面却进展缓慢。使用以基因为基础的方法可能提供非常有针对性的鉴定，但同时也导致此领域出现一些争论，争论焦点为此法不再依赖于生物的形态学及生长特征，后者是既往真菌学鉴定的关键。
分子诊断技术将不可避免的伴随着真菌分类的修订，将对称呼多年的已知菌名以不同的命名。实践方面，皮肤科医生遇到的最常见真菌的重命名已经顺利完成，另有数个新提出的命名，它们在可能的情况下，使旧名称与新名称达成一致。而皮肤癣菌间紧密的遗传同质性则是新命名的特殊挑战。
业已出现许多基因鉴定的方法学研究，通常集中用于甲真菌病的诊断。其鉴定系统各有不同，通常是基于核糖体内部转录间隔（ITS）的微小变化，ITS区提供了足够的异质性，使得在关键菌种间能做出区分。这些检测可见于诊断性实验室，也可商购。
最新两篇发表在英国皮肤病学杂志（BrJDermatol）的文章在既往工作基础上做出了显著成就。
第1篇着重介绍致头癣的皮肤癣菌的鉴定。头癣有超过12种可能的致病真菌，诊断特别具有挑战性，且治疗的选择部分依赖于致病菌种；而在全球范围内，很多地区中头癣的诊断仅基于既往经验。
例如，在伦敦，目前头癣最常见致病菌为断发毛癣菌。而在其他地区，如撒哈拉以南的非洲地区，有至少7种头皮致病真菌，不过这种模式在变化，因断发毛癣菌在大陆东部及西部地区均有蔓延。
第1篇文章来自中国，文中提出了诊断新技术，即利用ITS区探针进行滚环扩增及多重连接探针扩增达到目前尚缺的诊断特异度及敏感度。两项技术均限制了非特异性扩增，以此提高灵敏度。
第2篇文章介绍了一项快速诊断方法，即实时定量聚合酶链反应（qRT-PCR），此法可直接从组织标本中鉴定菌种。qRT-PCR能提高诊断灵敏度，并能精确鉴定真菌到种的水平。
这于皮肤科医生有何益？
实际上，在头癣患者中，并不是每位患者或头皮表面培养阳性的就能代表真正的感染（即真菌侵入毛干），后者通常需要显微镜检查确认，甲真菌病亦同理。既往有相当比例头癣培养阳性的患者，实际上仅为真菌携带者。
数项使用「过气」的显微镜检查及真菌培养的研究显示，仅小部分携带者会侵入毛干或感染。不过在断发毛癣菌病例中尚不确定有此作用。
目前看来，通过头发及甲的培养或分子生物学方法检测真菌不足以证实真菌是否侵入组织。针对此问题，显微镜检查仍是必要的，再或者，应用探针鉴定基因特异性转换，并鉴定及检测真菌感染产生的蛋白酶达到此目的，此技术即基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOFMS）。
提供综合的分子微生物学诊断服务将需要实验室技术人员具备不同的技能，而非旧的微生物实验室中对特定真菌的知识掌握。
那么，在感染诊断的新时代，谁将负责显微镜检查？实验室还是临床医生？在问题解决之前，皮肤科医生可能有必要重新练习显微镜检查，据此才能确认什么才是有效的诊断学检测，亦即皮肤科医生需要在诊所中亲自对毛发、甲及皮肤标本行显微镜检查。
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