中医学认为，百合味甘微苦，性平，入心、肺经，有润肺止咳、清心安神之功，可用于热病后余热未消、虚烦惊悸、神志恍惚和肺痨久咳、咯血、肺脓疡等症；或因过食煎、炒、油炸食品后觉得燥热时食用。治疗肺伤咽痛、咳喘痰血等症的名方“百合固金汤（丸）”，即以百合为主药，配伍生熟地、麦冬、贝母等。目前中医常用百合组方治疗口腔溃疡，白塞氏综合征，慢性咽喉炎、肺结核等，辨证得当，确有良效。
临床观察发现，以百合为主治疗胃痛，确实有效，例如郁热型胃脘痛，用百合20克、蒲公英30克，乌药、炒青皮、炒五灵脂各10克，每日1剂，水煎，晚饭后顿服；剧痛者上、下午各服1剂。胃脘部气痛、热痛，还可用百合30克，乌药9克，水煎服。治疗萎缩性胃炎，可用百合30克，白芍、红花各15克，淮山、黄芪各20克，乌药9克，陈皮10克，甘草5克，黄连3克，随症加减，水煎服，每日1剂；3个月为1疗程，效果良好。
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近年来的研究进一步揭示：百合所含成分对实验性小鼠肉瘤-180、宫颈瘤-14有较强抑制作用，还可显著抑制黄曲霉素的致突变作用，临床上常用于白血病、肺癌、皮肤癌、鼻咽癌、乳腺癌、宫颈癌的辅助治疗。
用百合做羹或者粥还可酌情加入其他食物、中药，如加入银耳有润肺之功，加入绿豆可加强清心解毒之效；加和薏仁米可提高抗癌之力。用百合、生地各15克，或百合15克、知母10克煎汤服，对癌症患者由于思虑过多所致的心情烦躁、夜寐不宁、精神恍惚、食欲不振等具有良效。此外，用适量鲜百合与白糖，共捣敷患处，对皮肤癌破溃出血、渗水者也有一定治疗作用。
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