分为对症处理与对因治疗。
对症处理主要是止痛，促进愈合，可以采用一些喷剂或贴膜制剂。
对因治疗则要根据不同的疾病采用不同的对策，保持口腔清洁。
病毒性感染引起的要注意休息，多饮水，平日里应注意保暖，保持室内空气流通，增强抵抗外界的侵袭。创伤性溃疡要找出具体致病原因，避免局部刺激，改变喂养方式，酌情舌系带修整术；至于阿弗他溃疡，要注意均衡饮食增加各种营养补充维生素、锌、钙等微量元素，适当锻炼身体，情绪调节，必要时进行免疫调节。
除此之外，家长还应该注意一些系统性疾病的全身表征，应留心全身其他部位的皮损表现及发热感染表现以及用药史，及时至相关科室就诊。必须指出，临床上还有一些其他表现，如鹅口疮，地图舌等，由于其口腔表现有部分的黏膜缺损，家长往往误认为溃疡，这些表现与口腔溃疡的区分之一在于并无剧烈的疼痛，治疗方式也不相同，出现这种情况时不建议家长贸然用药，应及时就医。
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