肠神经异常如巨肠症，孩子自幼即有排便困难、腹胀现象。需要借助特殊的消化道摄影、肠黏膜切片及肠动力学检查明确诊断。如果确定为巨结肠症，必须手术治疗。
肛门异常肛门的开口位置异常，使得大便排出拐弯抹角很不顺畅，也会造成排便困难，应去医院治疗。
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肛门裂口因大便粗硬，将肛门口的黏膜撑裂了，以致每次排便用力时，反反复复的裂开，引起疼痛。久而久之，小儿就不愿意解便了。若有此情况，最好做详细检查，以确定根本原因所在。
除了食疗或中成药解除小儿便秘外，还应从小养成正常排便习惯，例如，每日定时让小儿坐马桶，即使没有大便也让他坐十分钟。培养小儿喝凉开水或牛奶，可促进肠蠕动及排便。
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