百日咳杆菌为革兰阴性染色的短杆菌，需氧，无鞭毛及芽胞，需要含有血液的培养基才能生长。该菌抗原结构极其复杂，能产生多种毒素物质。本菌对外界抵抗力弱，56℃30分钟或干燥数小时即死亡，对紫外线和一般消毒剂敏感。
百日咳杆菌侵入易感者呼吸道后，粘附于呼吸道上皮细胞纤毛上，繁殖并产生毒素而致病。细菌产生的毒性物质淋巴细胞促进因子进入血流，使脾、胸腺及淋巴结释放出大量淋巴细胞，致血白细胞数和淋巴细胞分类增高；外毒素使呼吸道上皮细胞纤毛麻痹和细胞坏死，呼吸道产生粘稠的分泌物并排出受阻，潴留的分泌物不断刺激呼吸道神经末梢，通过咳嗽中枢引起痉咳；痉咳时患儿处于呼气状态，同时声门痉挛，痉咳停止时吸入大量气体快速通过痉挛的声门出现高调鸡鸣样吼声；长期痉咳使咳嗽中枢形成“优势兴奋灶”，致使患儿在受到其他刺激时，甚至病愈后一段时间亦可因上感而诱发痉咳。
百日咳的表现开始为低热或不发热，咳嗽较轻，同一般感冒一样。1周左右咳嗽加重，阵发性痉挛性咳嗽，一次咳嗽十几声到数十声，可听到鸟啼样吼声，痉挛性咳嗽时小儿面部常憋得发红甚至发紫，舌向外伸，全身弯曲，十分痛苦，常伴有呕吐，痉挛性咳嗽白天次数较少，夜晚次数增多，日轻夜重，较重的婴儿如果照顾不周到，不能及时发现，立即抢救，可因窒息死亡。约2～6周咳嗽逐渐好转。病儿可合并肺炎和脑病、惊厥等病症。
百日咳的治疗：采用百日咳免疫球蛋白治疗，可减轻痉挛性咳嗽的发作，抗生素早期治疗可控制感染的扩散，咳嗽有利于祛除呼吸道分泌物，应避免使用过多的镇咳剂，多用祛痰药物。夜间适当给小儿镇静剂以保证睡眠。幼小婴儿痉挛性咳嗽频繁，常出现惊厥和窒息，应专人守护，随时抢救。呕吐频繁的小儿，应小量多餐进食，最好在咳嗽停止后进食。本病的护理很重要，居室湿度适当，空气流通，减少亲友探视，避免过度活动和情绪低落，中药对本病治疗效果也较好。
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