甘肃祁连山药业集团于2003年6月20日正式挂牌成立，其核心企业甘肃省国营祁连山制药厂创建于1969年7月,是甘肃省综合制药骨干企业、西北地区最大的抗生素生产基地、全国麻醉药品联合体员。1997年被评为中型一档企业,1998年以来被中国农业银行评为信用AAA级企业、被省环保局授予“甘肃省工业污染源达标工作”先进单位，连续多年保持了省级“重合同、守信用”单位、地区“纳税模范”、市级“文明单位”等光荣称号，2002年再次被酒泉市肃州区评为“纳税骨干企业”，被甘肃省国税局授予“诚信纳税户”荣誉称号。历经35年的艰苦创业，企业现已发展成为以甘肃省国营祁连山制药厂为母公司，由甘肃甘帝制药有限公司、酒泉市启明工贸有限公司、酒泉昌正农副有限公司、兰州金昆塑胶有限公司、祁连山制药厂方舟大药房和甘肃莫高实业发展股份有限公司等成员组成的甘肃祁连山药业集团。其中祁连山制药厂、甘帝制药有限公司、莫高制药分厂已通过GMP认证。现有在岗职工480人，各类专业技术人员82名，（其中高级职称1人，中级职称20人，初级职称61人）。主要生产土霉素原料、甘草系列产品和片剂、针剂、胶囊剂、合剂、糖浆剂、药品包装材料、保健食品、消毒液等。产品行销华南等20多个省、市、自治区，部分产品还拥有生产企业自营进出口权。其中土霉素原料（年产1200吨）被省内外一些知名制药企业列为首选原料，甘草浸膏（粉）、复方甘草片、复方甘草合剂为国家计划产品。“祁连山”牌商标在全国有一定知名度。企业年销售总额7000万元，年创利税800万元。

祁药集团将在建立现代化企业进程中，积极响应党的“十六大”号召，全面贯彻落实“三个代表”重要思想，抢抓机遇，深化改革，面向国际市场，认真抓好体制创新、技术创新和经营创新，充分发扬“求实、创新、高效、一流”的企业精神，按照过渡、调整、改革、发展的总体思路和一个中心、两个调整、三个到位的工作方针，积极推进“十五规划”目标。到2005年，企业将实现销售3亿元，利税6000万元，职均收入20000元，开创企业兴旺发达，广大职工精神充实、生活富裕的新局面。为甘肃农垦事业的繁荣昌盛和地方经济的健康发展做出更大贡献。