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临床上应注意与流感、普通感冒、细菌性肺炎、传染性非典型肺炎(SARS)、传染性单核细胞增多症、巨细胞病毒感染、衣原体肺炎、支原体肺炎等疾病进行鉴别诊断。
1、与流行性感冒鉴别
流行性感冒一般分为三种，即甲型、乙型和丙型。乙型和丙型流行性感冒一般只在人群中传播，很少传染到其他动物。甲型流行性感冒大部分都是禽流感，禽流感病毒一般很少使人发病。禽流感主要在鸟类中间传播，偶可感染至人，其临床表现与人类流行性感冒相似，但人禽流感症状重、并发症多，与普通流感有一定区别。
2、细菌性肺炎
主要有感染性和理化性如放射线、毒气、药物以及变态反应性如过敏性肺炎等，临床所见绝大多数为细菌、病毒、衣原体、支原体、立克次体、真菌和寄生虫等引起的感染性肺炎，其中以细菌最为常见。
3、衣原体肺炎
肺炎衣原体与鹦鹉热和砂眼衣原体有相同的属特异性抗原，而其他特异性抗原血清学特征却不同。通常DNA杂交试验和限制性核酸内切酶分析确认其为不同于砂眼和鹦鹉热衣原体的第三种衣原体。