急性化脓性胆管炎多数继发于胆管结石和胆道蛔虫病，胆管狭窄和胆管肿瘤等有时也可发生。上述疾病造成胆管阻塞、胆汁郁积，继发细菌感染。致病菌几乎均来自于肠道，经乏特壶腹或经胆肠吻合口逆行进入胆道。细菌亦可通过血行或淋巴道进入胆道。致病菌主要为大肠杆菌、克雷白杆菌、粪链球菌和某些厌氧菌。