与其他抗生素一样，长期使用头孢泊肟酯片可能会引致非敏感微生物如念珠菌、肠球菌、艰难梭状芽孢杆菌等过度生长，因而可能需要中断治疗。曾有因使用抗生素而出现伪膜结肠炎的报告，因而在使用抗生素期间或之后发生严重腹泻的病人应考虑这种诊断的可能。