两者出现症状时间的长久可区分。功能性消化不良指病程在6个月以上。普通的消化不良是指一组常见的症状包括上腹疼痛或不适（包括上腹饱胀、早饱、烧灼感、嗳气、恶心呕吐以及难以描述的上腹部不适感等），功能性消化不良是在经内镜检查后排除各种溃疡，肿瘤，炎症等器质性疾病后诊断的。