由于该囊肿可以长期存在，多年不变，定期观察，无需治疗。如果囊肿逐渐长大，影响生活，或反复感染，经常形成脓肿，可行巴氏腺囊肿造口术。此法简单，损伤小，尚能保留腺体功能。但造口应够大，造口之后最好放引流条，每天用双氧水或者2%碘伏冲洗一次，共3～4次，防止术后粘连闭合，再次形成囊肿。一旦脓肿形成，应当切开引流。近年来采用CO2激光做造口术治疗，治疗率高，无不良反应，操作简便，治疗时间短，无需缝合创面，病人可在门诊治疗；由于激光的高热效应能使组织细胞凝固、炭化，因激光对血红蛋白有亲和力，故有较好的凝血作用，术中及术后出血少，能保留腺体的正常功能，对性生活无影响，术后无感染，无需用抗生素。但此种技术应用范围尚不广泛，有待进一步观察研究。