肛瘘的治疗方法主要有：1.非手术治疗：包括热水坐浴、通便、理疗，局部有急性炎症可用抗生素。该疗法只适用于反复发作的脓肿初期以及手术前准备，但不能彻底治愈。2.中医疗法：中医学称为“痔瘘”，属虚实夹杂，本虚标实之证，采用有清热解毒，活血化瘀，消肿止痛功效的“透脓平瘘散”，能起到很好的作用。3.手术治疗（挂线或切除）。